Nel 1955 viene ingaggiato l’allenatore Enzo Magli, che guiderà la squadra per oltre due stagioni. Il primo campionato sotto la sua egida (1955-56) fu il migliore disputato dal Genoa dal 1949 e lo sarebbe rimasto per altri otto anni. A grandi prestazioni casalinghe (grazie all’apporto del fuoriclasse Gren, la prima richiesta di Magli dopo la sua assunzione) fanno però riscontro sconfitte in trasferta (il primo punto arriverà solamente a Bergamo alla quarta giornata del girone di ritorno): per questo la classifica finale vede il Genoa solamente al nono posto, in coabitazione con Spal, Torino, Juventus e Lanerossi.
La stagione seguente (nel luglio del ’57 Magli era stato nominato Cavaliere della Repubblica) le cose non andarono altrettanto bene e nonostante l’ingaggio di Abbadie, la salvezza arriverà soltanto all’ultima giornata con la vittoria sul Napoli per 1-0.
Nel novembre dello stesso anno Magli verrà esonerato dopo sette turni.